Cerkev je prvotno spadala pod starološko prafaro, nato pa pod selško župnijo do leta 1622. Župnija Železniki je bila ustanovljena 12. februarja 1622. leta. Za ustanovitev nove župnije je dobil fužinar Jurij Plavc dovoljenje od patriarha v Vidmu. Pravijo, da je moral po Sori jahaje prinesti domov ustanovno pismo, da se je izognil Selčanom, ki bi radi obdržali Železnike v svoji župniji.
V ustanovni listini je bilo zapisano:
V imenu Gospodovem, amen. Po svetih kanonih in posebno po odlokih svetega Tridentinskega zbora je gotovo, da morejo škofje v cerkvah, v katerih zaradi oddaljenosti ali slabih potov ni mogoče prihajati k zakramentom in sv. Maši, ustanavljati župnije tudi proti volji župnikov … Ko smo hoteli z razumevanjem ugoditi poznanim potrebam, smo upravičeno prošnjo železnikarskih faranov po poslancih preložili pobožnemu cesarju Ferdinandu. Cesar je za uresničenje te zadeve dobrohotno določil dvesto forintov za vzdrževanje duhovnika, bivajočega v Železnikih. V moči odlokov Tridentinskega koncila odločamo, da je cerkev ločena in oddeljena od župnijske cerkve v Selcih. Ko jo povzdigujemo in določamo (za župnijsko cerkev), hočemo, da je ta cerkev sv. Antona popolnoma samostojna in izvzeta od župnijske in materne cerkve v Selcih. Tako župnik materne cerkve glede dušnega pastirstva nima v njej nič delati ali si lastiti. Da pa se ohrani primerno spoštovanje imenovane cerkve materni cerkvi v Selcih, hočemo in določamo, da morajo in so dolžni vsakokratni dušni pastir in njegovi farani v prihodnje trikrat na leto v procesiji obiskati župnijsko cerkev v Selcih, in sicer na Veliko soboto ob blagoslovitvi velikonočne sveče, na dan posvečenja in na dan farnega patrona omenjene cerkve. V znak časti in spoštovanja naj darujejo belo svečo, težko tri libre, župniku pa tri forinte …
Dano v patrijarhovi palači v letu Gospodovem 1622, v prvem letu vladanja sv. Očeta Gregorija V.
Ob ustanovitvi v župnijo še niso spadale bližnje vasi, še najbližje Škovine ne. Župniji so bile priključene kasneje. Župnija danes obsega mesto Železniki, ki je razdeljeno na naselja: Log, Dašnica, Na Kresu, Otoki, Racovnik, Trnje, Škovine, Na plavžu in Jesenovec. V župnijo spadajo tudi vas Smoleva, del vasi Ojstri Vrh in del vasi Martinj Vrh. Skupaj v župnijo Železniki spada 3.500 župljanov.